Séquençage et Microbiote: De la donnée brute au levier zootechnique

Sommaire

Productions Animales (Monogastriques) : objectiver la variabilité pour mieux cibler la performance

Petfood : le microbiote buccal comme nouveau terrain d’investigation

L’Écosystème INNOZH : partage d’expertise et montée en compétence

Agenda : webinaire ACT Food Bretagne et projets R&D

Productions Animales (Monogastriques) : objectiver la variabilité pour mieux cibler la performance

Pour les directions R&D, le défi n’est plus seulement de décrire le microbiote, mais de corréler sa modulation avec des phénotypes d’intérêt (IC, GMQ, santé digestive).

Notre approche se fonde sur une caractérisation taxonomique précise (jusqu’à l’espèce ou la souche) pour identifier des biomarqueurs de dysbiose ou de résilience.

Étude de Cas : Variabilité du Microbiote chez le Porc

Dans une étude récente menée par INNOZH, nous avons cartographié la variabilité naturelle du microbiote fécal chez des porcs en croissance. L’objectif était de définir un « bruit de fond » microbien (baseline) pour distinguer les variations physiologiques normales des véritables shifts induits par des facteurs externes (stress, pathogènes).

• Méthodologie : Séquençage de l’ARNr 16S et analyse des indices de diversité Alpha et Beta.
• Apport R&D : Cette qualification de la variabilité permet à nos partenaires de dimensionner correctement leurs essais in vivo et de sécuriser la puissance statistique de leurs tests d’additifs ou de stratégies nutritionnelles.

Lire l’étude complète : Évaluation de la variabilité du microbiote chez les monogastriques

Petfood : le microbiote buccal comme nouveau terrain d’investigation

L’expertise d’INNOZH s’étend au secteur du Petfood, où l’interaction entre la matrice alimentaire et le microbiote de l’hôte est un axe d’innovation majeur. Nous avons développé des protocoles de prélèvements non-invasifs adaptés aux animaux de compagnie pour des études longitudinales.

Focus : POC Nutrition et Microbiote Buccal Canin

Nous avons mené une « Preuve de Concept » (POC) explorant le lien entre l’alimentation (texture, composition) et l’équilibre du microbiote buccal chez le chien.

• Enjeu : Comprendre l’impact de la formulation sur la formation du biofilm et la santé parodontale.
• Résultat : L’analyse métagénomique a permis d’identifier des taxons bactériens spécifiques associés à l’état de santé buccale, offrant aux industriels des indicateurs biologiques pour valider des allégations fonctionnelles « santé dentaire ».

Détails du POC : Étude du lien entre alimentation et microbiote buccal chez le chien

L’Écosystème INNOZH : partage d’expertise et montée en compétence

Labellisé CRT, INNOZH opère à l’interface de la recherche académique et de l’application industrielle. Dans le cadre de nos missions de sensibilisation technologique et de mise en relation, confiées et soutenues par l’État, la Région Bretagne et les collectivités, nous œuvrons au transfert de compétences vers les filières.

C’est dans cette optique de diffusion des savoirs que nous organisons régulièrement des temps forts techniques :

Retour sur la « Rencontre Microbiote »

Notre implication dans l’animation scientifique s’est illustrée lors de la rencontre du 20 mars dernier au ZOOPOLE à Ploufragan (22). Cet événement a permis de croiser les regards entre académiques et industriels sur les verrous méthodologiques actuels (extraction d’ADN sur matrices complexes, standardisation des pipelines bio-informatiques). Ces échanges nourrissent notre veille technologique et garantissent à nos clients des protocoles à l’état de l’art.

Lire le retour sur la rencontre microbiote

Formation Experte : Maîtriser le Séquençage en Interne

Pour les équipes R&D souhaitant internaliser certaines compétences ou mieux piloter leurs sous-traitants, nous proposons des modules de formation avancés.

• Contenu : De la préparation des librairies au traitement bio-informatique (nettoyage des reads, assignation taxonomique, analyse statistique).
• Cible : Responsables de laboratoire, ingénieurs R&D et techniciens spécialisés.

Découvrir notre module : Formation Séquençage ADN

Agenda & Actions

• Webinaire Act Food Bretagne :

Retrouvez nos experts pour une intervention technique sur les apports du séquençage dans les filières agri-agro. Webinaire gratuit sur inscription, le 29 janvier de 11h à 12h.

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• Projet R&D :

Vous souhaitez objectiver l’effet d’un produit sur le microbiote (intestinal, buccal, cutané) avec des métriques robustes ? Contactez nos experts R&D.

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