Chez les êtres vivants, des communautés de microbes vivent aux interfaces entre l’organisme et le milieu extérieur, comme aux interfaces entre certains organes et des milieux internes.  

Le tractus gastro-intestinal héberge une grande partie de ces communautés, notamment au niveau des surfaces muqueuses.  Elles constituent le microbiote intestinal ou flore intestinale. Les technologies de séquençage ont permis de montrer que le microbiote intestinal est un écosystème complexe de micro-organismes. Il aiderait l’organisme par ces fonctions métaboliques, trophiques et immunitaires. Cependant, sa composition peut être influencée par plusieurs éléments, tels le stress, les maladies intestinales, les antibiotiques, la génétique et l’alimentation. Un seul ou l’ensemble de ces facteurs sont susceptibles de provoquer un déséquilibre microbien et causer diverses maladies.

Suite à ces éléments, il semble intéressant d’explorer davantage l’analyse et la caractérisation du microbiote intestinal des animaux d’élevage. La diffusion de nouvelles techniques d’analyse du microbiote a ouvert de nouveaux champs de recherche en santé animale. En particulier, les analyses de séquençage haut débit du gène de l’ARN 16S permettent d’identifier et de quantifier des bactéries non cultivables.